Vuosittainen päätös luontoisetujen laskentaperusteista tulee Verohallinnolta. Kaikille luontoiseduille laskentaan arvo ja, jos tietylle edulle ei ole mainittu arvoa Verohallinnon päätöksessä, pidetään sen arvona markkina-arvoa.
Sillä luontoisedut ovat osa työntekijän palkkaa, niitä ei voi poistaa ilman erityistä syytä. On suositeltavaa, että luontoiseduista olisi tietyt säännöt voimassa jokaisessa työpaikassa, jossa on selvästi mainittu mitä tapahtuu luontoiseduille poissaolon aikana. Työnantajan tulisi kuitenkin sopia yhdessä työntekijän kanssa luontoisetujen poistamisesta, sillä niiden antamisestakin sovitaan yhdessä. Pääsääntö kuitenkin on, että edut poistetaan palkattoman poissaolon ajalta. Palkallisen poissaolon aikana luontoisedut ovat voimassa normaalisti. Eli luontoisetujen maksaminen poissaolon aikana riippuu siitä, että onko työnantaja velvollinen maksamaan palkkaa poissaolon aikana, ellei tästä ole erikseen sovittu työntekijän kanssa tai työehtosopimuksessa. Työntekijällä ei ole oikeutta valittaa päätöksestä, että edut poistetaan palkattoman poissaolon aikana.
Työnantaja ja työntekijä voivat sopia esimerkiksi siitä, että työntekijä saa käyttää luontoisetuautoa palkattoman poissaolon aikana. Tässä tilanteessa tulee työntekijän kuitenkin maksaa työnantajalle vastiketta auton käytöstä vähintään verotusarvon verran. Jos työntekijä ei maksa auton käytöstä, hänelle kertyy verotettavaa tuloa, josta peritään jälkiveroja.
Sairauspoissaolo voi myös katkaista luontoisedut, jos sairauspoissaolosta muodostuu pitkäaikainen ja työnantaja ei ole enää velvollinen maksamaan palkkaa. Työnantajan velvollisuus maksaa palkkaa sairauspoissaolon aikana määräytyy lain ja työehtosopimuksen mukaisesti. Silloin kun työnantajan velvollisuus maksaa palkkaa loppuu, työntekijä saa Kelalta enintään 300 päivää sairauspäivärahaa. Työnantajan tulee antaa työntekijälle lakisääteinen pakollinen työterveyshuolto myös poissaolon aikana vaikka palkkaa ei maksettaisikaan.
